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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Data corrente: |
26/03/2019 |
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Data da última atualização: |
21/06/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
PESSOA FILHO, M. A. C. de P.; SOUZA SOBRINHO, F. de; FRAGOSO, R. da R.; SILVA JUNIOR, O. B. da; FERREIRA, M. E. |
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Afiliação: |
MARCO AURELIO CALDAS DE PINHO PESSO, CPAC; FAUSTO DE SOUZA SOBRINHO, CNPGL; RODRIGO DA ROCHA FRAGOSO, CPAC; ORZENIL BONFIM DA SILVA JUNIOR, Cenargen; MARCIO ELIAS FERREIRA, Cenargen. |
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Título: |
A phased diploid genome assembly for the forage grass urochloa ruziziensis based on single-molecule real-time sequencing. |
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Ano de publicação: |
2019 |
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Fonte/Imprenta: |
In: PLANT AND ANIMAL GENOME CONFERENCE, 27., 2019, San Diego. Proceedings... Livingston, NJ: Scherago, 2019 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Plant and Animal Genome XXVII Conference (PAG). |
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Conteúdo: |
Ruzigrass (Urochloa ruziziensis) is a diploid, tropical forage grass native to Africa, widely planted in Brazil, known for its high nutritional quality. It is closely related to important forage species of Urochloa, and plays a crucial role in the breeding program of brachiaria grasses, mostly focused on inter-specific hybirds. Previous studies from our group based on shallow Illumina sequencing resulted in the development of the first molecular markers for the species (Silva et al., 2013), as well as in assessments of germplasm diversity and structure (Pessoa-Filho et al., 2015). Assembly and analysis of complete plastid genomes for four Urochloa species allowed the characterization of their phylogenetic divergence (Pessoa-Filho et al., 2017). Here, we present a near-complete phased diploid genome assembly of the heterozygous ruzigrass clone C69. We used PacBio Sequel to generate over 13.3 million long reads (mean size 6.5 kbp), adding up to 87.5 Gbp of raw data (~142x coverage). The current diploid assembly using FALCON-Unzip contains ~603 Mbp in 3,539 primary contigs, with NG50 of 286 kbp, and covers 98.2% of the estimated haploid genome size of 615 Mbp for ruzigrass. In addition, 82% of the assembly could be phased as separate haplotypes, with ~500 Mbp resolved as haplotigs. Assessment of assembly completeness showed 95.2% BUSCO matches as complete, and 83.3% as complete single-copy. Ongoing research includes transcriptome assembly to aid gene prediction and annotation, anchoring of contigs in linkage maps, and Hi-C scaffolding. A high-quality, chromosome-scale genome assembly for ruzigrass will aid research groups in the development and application of genomic tools in breeding and genetics of brachiaria grasses. MenosRuzigrass (Urochloa ruziziensis) is a diploid, tropical forage grass native to Africa, widely planted in Brazil, known for its high nutritional quality. It is closely related to important forage species of Urochloa, and plays a crucial role in the breeding program of brachiaria grasses, mostly focused on inter-specific hybirds. Previous studies from our group based on shallow Illumina sequencing resulted in the development of the first molecular markers for the species (Silva et al., 2013), as well as in assessments of germplasm diversity and structure (Pessoa-Filho et al., 2015). Assembly and analysis of complete plastid genomes for four Urochloa species allowed the characterization of their phylogenetic divergence (Pessoa-Filho et al., 2017). Here, we present a near-complete phased diploid genome assembly of the heterozygous ruzigrass clone C69. We used PacBio Sequel to generate over 13.3 million long reads (mean size 6.5 kbp), adding up to 87.5 Gbp of raw data (~142x coverage). The current diploid assembly using FALCON-Unzip contains ~603 Mbp in 3,539 primary contigs, with NG50 of 286 kbp, and covers 98.2% of the estimated haploid genome size of 615 Mbp for ruzigrass. In addition, 82% of the assembly could be phased as separate haplotypes, with ~500 Mbp resolved as haplotigs. Assessment of assembly completeness showed 95.2% BUSCO matches as complete, and 83.3% as complete single-copy. Ongoing research includes transcriptome assembly to aid gene prediction and annotation, ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Brasil. |
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Thesagro: |
Capim Urochloa; Genoma. |
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Categoria do assunto: |
K Ciência Florestal e Produtos de Origem Vegetal |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/194810/1/abstract-PAG-XXVII.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia (CENARGEN) |
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| Registros recuperados : 483 | |
| 81. |  | CRUZ, G. S.; VIEIRA, R. F.; GOMES, I. S.; GAMA, P. E.; SANTOS, M. C. S.; BIZZO, H. R. Scents from Brazilian Cerrado: The essential oil from the leaves of Chromolaena chaseae (Asteraceae). In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE ÓLEOS ESSENCIAIS, 9., 2017, Caxias do Sul, RS. Inovação e Sustentabilidade. [Caxias do Sul: UCS, 2017]. 20 a 22 nov. SBOE. e-Pôster. Ref. 21.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos. |
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| 82. | | CRUZ, G. S.; VIEIRA, R. F.; GOMES, I. S.; GAMA, P. E.; SANTOS, M. C. S.; BIZZO, H. R. Scents from Brazilian Cerrado: The essential oil from the leaves of Pseudobrickellia brasiliensis (Asteraceae) from Serra Dourada, Goiás. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE ÓLEOS ESSENCIAIS, 9., 2017, Caxias do Sul, RS. Inovação e Sustentabilidade. [Caxias do Sul: UCS, 2017]. 20 a 22 nov. SBOE. e-Pôster. Ref. 22.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 83. | | CRUZ, G. S.; VIEIRA, R. F.; GOMES, I. S.; GAMA, P. E.; SANTOS, M. C. S.; BIZZO, H. R. Scents from Brazilian Cerrado: The essential oil from the leaves of Pseudobrickellia brasiliensis (Asteraceae) from Serra Dourada, Goiás. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE ÓLEOS ESSENCIAIS, 9., 2017, Caxias do Sul, RS. Inovação e Sustentabilidade. [Caxias do Sul: UCS, 2017]. 20 a 22 nov. SBOE. e-Pôster. Ref. 22.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos. |
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| 84. | | CUNHA, J. P. A. R. da; TEIXEIRA, M. M; VIEIRA, R. F.; FERNANDES, H. C.; COURY, J. R. Espectro de gotas de bicos de pulverização hidráulicos de jato plano e de jato cônico vazio. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 39, n. 10, p. 977-985, out. 2004 Título em inglês: Droplet spectrum of standard flat fan and hollow cone spray nozzles.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 89. | | DIAS, T. A. B.; VIEIRA, R. F.; MARTINS, M. V. M.; MELLO, C. M. C.; BOAVENTURA, M. C.; RAMOS, A. E.; ASSIS, M. C.; RAMOS, F. A.; MONTEIRO, P. P.; REIS, G. M. C. L. Conservacao ex-situ de recursos geneticos do cerrado: plantas medicinais, ornamentais e meliponineos. In: SIMPOSIO SOBRE O CERRADO, 8.; INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON TROPICAL SAVANNAS, 1., 1996, Brasilia, DF. Biodiversidade e producao sustentavel de alimentos e fibras nos Cerrados: anais... Planaltina: EMBRAPA-CPAC, 1996. p.195-197.| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 92. | | FARIA, J. P.; ALMEIDA, F.; SILVA, L. C. R. da; VIEIRA, R. F.; AGOSTINI COSTA, T. da S. Caracterização da polpa do coquinho-azedo (Butia capitata var capitata). Revista Brasileira de Fruticultura, Jaboticabal, v. 30, n. 3, p. 827-829, set. 2008.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 93. | | FARIA, J. P.; ARELLANO, D. B.; GRIMALDI, R.; SILVA, L. C. R. da; VIEIRA, R. F.; SILVA, D. B. da; AGOSTINI COSTA, T. da S. Caracterização química da amêndoa de coquinho-azedo (Butia capitata var capitata). Revista Brasileira de Fruticultura, Jaboticabal, v. 30, n. 2, p. 549-552, jun. 2008.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 94. | | FARIA, J. P.; SIQUEIRA, E. M. A.; ALMEIDA, F.; SILVA, L. C. R.; VIEIRA, R. F.; AGOSTINI-COSTA, T. S. Determinação de minerais e teor de fibra da polpa e da semente do coquinho (Butia capitata). In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 11., 2006, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2006. p. 182.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 95. | | FARIA, J. P.; SIQUEIRA, E. M. A.; GRIMALDI, R.; BARRERA-ARELLANO, D.; VIEIRA, R. F.; AGOSTINI-COSTA, T. S. Caracterização do óleo do coquinho (Butia capitata). In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 11., 2006, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2006. p. 175.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 96. | | FARIA, J. P.; VIEIRA, R. F.; LIMA, L. H. C.; AGOSTINI-COSTA, T. S. Determinação de caratenóides em coquinho (Butia capitata). In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 11., 2006, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2006. p. 181.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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